Algunas fuentes señalan como fecha de su nacimiento el 6 de mayo de 973. Fue hijo de Enrique II el Pendenciero, duque de Baviera.
Como su padre se había levantado en contra de los dos emperadores
anteriores tuvo que exiliarse en su juventud. Sucedió a su padre en el ducado de Baviera en el año 995 como Enrique IV el Santo.Tras efectuar una segunda campaña en territorio italiano para consolidar su poder, fue coronado Emperador por el papa Benedicto VIII el 14 de febrero de 1014. En el año 1020 tuvo que encabezar una tercera expedición para garantizar sus dominios italianos.
Enrique II apoyó el poder de los obispos frente al clero monástico. Se interesó por cuestiones de la administración de la Iglesia. Fue partidario del celibato eclesiástico como medio para evitar el dominio de los territorios de la Iglesia por linajes familiares.
El Papa Eugenio III canonizó a Enrique II en 1146 y a su esposa, Santa Cunegunda, en 1200.